Résultant de l'exploitation des matières végétales par l'homme, les déchets et effluents organiques constituent un flux sans cesse renouvelé, estimé à près de 550 millions de tonnes par an en France.

On distingue trois catégories de résidus organiques :

• Les produits, le plus souvent solides, sont souvent considérés comme des matières premières secondaires pour la fabrication d'aliments destinés aux animaux, pour l'énergie ou pour la formulation d'engrais / amendements.
• Les résidus liquides ou pâteux (déjections animales, boues d'épuration, fraction organique des déchets ménagers...) riches en éléments fertilisants, mais que la réglementation assimile à des déchets.
• Les effluents peu chargés (eaux résiduaires, de lavage, de process...) sont le plus souvent épandus à l'état brut.

La valorisation ou l'élimination de ces flux incombe :

• Aux collectivités (moins de 10 %), qui gèrent notamment les matières résiduaires (boues d'épuration, graisses...) et les déchets ménagers (déchets verts, fermentescibles...).
• Aux industriels (plus de 20 %), qui valorisent près du quart de leur production (alimentation animale, cosmétique, énergie...) et épandent l'essentiel des trois quarts restants.
• Aux agriculteurs (70 %), qui épandent, transforment ou abandonnent sur les terres les déjections animales et les résidus de récolte. 

Le retour au sol de ces résidus organiques présente un intérêt multiple : une amélioration de la capacité de rétention en eau des sols, une augmentation de la capacité des sols à retenir les éléments fertilisants, une stimulation de la vie biologique. Cette pratique participe donc à l'entretien humique des sols et à la lutte contre l'érosion et le lessivage.

En outre, la valorisation des déchets et effluents organiques participe à la lutte contre le changement climatique par une limitation du recours aux engrais de synthèse, particulièrement énergivores, d'une part, et par la production potentielle d'une énergie renouvelable dans le cadre d'une méthanisation, d'autre part.